Environnement de travail, missions et activités

Vous exercerez au sein de l'Unité Mixte de Recherche (UMR) BioForA (« Biologie intégrée pour la valorisation de la diversité des arbres et de la forêt »), centre INRAE Val de Loire, Orléans. Cette unité travaille sur la valorisation des ressources génétiques forestières pour une production durable de bois dans un contexte climatique changeant. L’objectif des recherches est d’élucider la complexité des réponses des arbres (en termes de qualité de bois, croissance, reproduction ou développement des racines) à des variations de l'environnement et leur relation avec les aspects de production de bois. Pour ce faire l’Unité développe différentes approches en physiologie et génomique fonctionnelle, en génétique quantitative et des populations, en méthodologie de la sélection et de conservation. L'unité est impliquée dans un certain nombre de projets et de missions de collaboration avec des agences gouvernementales pour la gestion et la production de matériel forestier de reproduction.

Vous travaillerez dans le cadre d’un projet de recherche collaboratif H2020 en cours dans notre laboratoire (OPTFOREST 2022-2027, https://www.optforests.eu/), et vous serez en charge de comparer à l'aide de simulations différentes stratégies de gestion de la diversité génétique et du gain génétique dans le contexte de la sélection artificielle qui soient opérationnellement simples, rapides à mettre en œuvre et peu coûteuses. Ces stratégies s'inspireront de différentes typologies de programmes correspondant à différentes espèces et à leurs contextes démo-génétiques, écologiques, environnementaux et économiques. La définition de ces typologies sera réalisée en collaboration avec plusieurs partenaires européens impliqués dans le projet, à partir des données et de l'expérience de leurs espèces et programmes respectifs. Ces stratégies seront comparées à une stratégie de référence basée sur une gestion optimale de la diversité et du gain génétique pour une efficacité maximale à court et long terme. Vous utiliserez les outils et codes de simulation déjà disponibles dans notre équipe (scripts utilisant AlphaSimR et MoBPS), que vous pourrez améliorer avec de nouveaux développements. Ces outils utilisent des génomes virtuels avec un nombre fini de loci et un ensemble d'hypothèses sur les architectures génétiques sous-jacentes aux caractères d'intérêt. L'ensemble du processus de production et traitement des données se fera dans un cadre méthodologique reproductible, versionné et traçable à chaque étape. Vous travaillerez en étroite collaboration avec les scientifiques à l'origine de ces typologies et avec notre bio-informaticien pour tous les aspects concernant la reproductibilité des protocoles. Les résultats de ces travaux de simulation et d'application feront l'objet de plusieurs publications scientifiques.

La durée proposée est de 12 mois et la date de début pourrait être le 1er juillet, sous réserve des procédures administratives.

Travail à Orléans (45, Loiret), principalement en postes informatiques. Accès facile au laboratoire par les transports en commun (tramway et bus). Déplacements professionnels en France et en Europe pour des réunions et des ateliers.