Vanina BENOIT (Assistante Ingénieur de la Recherche)

BENOIT Vanina

Vanina BENOIT (Assistante Ingénieur de la Recherche)

Équipe Génétique, Adaptation et Amélioration (GA²) - Genotypage - ADN, marqueurs moléculaires - Qualité

Tel. : +33 (0)2 38 41 78 76
vanina.benoit@inrae.fr

A l’Inra depuis 2001, d’abord en CDD sur des projets scientifiques en rapport avec les biotechnologies, j’ai été recrutée en 2003. Je suis actuellement en charge des activités de génotypage conduites dans l’unité. A ce titre, je développe et mets au point les protocoles pour détecter plusieurs types de marqueurs moléculaires sur différentes espèces forestières et à partir de différents tissus. J’interviens également dans la coordination des activités de génotypage réalisées sur des plateformes externes pour le compte de l’UMR BioForA.

En pratique, j’organise les campagnes de marquage réalisées dans l’unité. Avec l’aide d’une technicienne, Corinne Buret, nous récoltons sur le terrain les tissus à analyser, stockons et préparons les échantillons au laboratoire, réalisons les manipulations et validons les résultats obtenus. Ensuite, j’effectue les premières étapes d’analyse des données : validation de génotypes, recherche de paternité, calculs de diversité génétique.

Les marqueurs moléculaires que nous utilisons en routine sont majoritairement des marqueurs de type microsatellites. Après amplification de l’ADN, la détection de ces marqueurs est réalisée à l’aide d’un séquenceur Applied Biosystem 3500. Nous travaillons principalement sur le peuplier, le mélèze, le frêne, le pin sylvestre et le merisier. Nous avons obtenu pour ces espèces de nombreuses données de référence.

Au laboratoire, j’encadre les stagiaires de tous niveaux : BTS, Master, thèse. Je suis aussi impliquée dans la mise en place d’un TD de génétique auprès des Master 1 Agrosciences de l’université d’Orléans.

Je suis également la personne référente qualité de notre unité. Dans ce cadre, j’assure l’animation de groupes de travail, l’accès aux différents documents qualité et le suivi des appareils soumis à métrologie.

Sequenceur-Applied-Biosystem
Sequenceur-Applied-Biosystem
Chromatogrammes
Chromatogrammes

Figures : Séquenceur Applied Biosystem utilisé pour mettre en évidence des différences au niveau de marqueurs microsatellites visualisés sur les chromatogrammes. La présence de pics permet de déterminer la taille de chaque produit d’amplification (microsatellite) au nucléotide près et ainsi d’attribuer à chaque génotype analysé, les allèles spécifiques de chaque marqueur.            

Articles

Faivre-Rampant P., Zaina G., Jorge V., Giacomello S., Segura V., Scalabrin S., Guérin V., De Paoli E., Aluome C., Viger M., Cattonaro F., Payne A., Paulstephenraj P. S., Le Paslier M.-C., Berard A., Allwright M., Villar M., Taylor G., Bastien C., Morgante M. (2016). New resources for genetic studies in Populus nigra: genome-wide SNP discovery and development of a 12k Infinium array. Molecular Ecology Resources, 16 (4), 1023-1036, doi : 10.1111/1755-0998.12513

Nardin M., Musch B., Rousselle Y., Guérin V., Sanchez L., Rossi J.-P., Gerber S., Marin S., Pâques L. E., Rozenberg P. (2015) Genetic differentiation of European larch along an altitudinal gradient in the French Alps. Annals of Forest Science, 72 (5), 517-527, doi : 10.1007/s13595-015-0483-8

Dowkiw A., Chenault N., Guérin V., Borel C., Bastien C., Villar M. (2014). Post-pollination paternal reproductive success in Populus nigra: a male affair. Tree Genetics and Genomes, 10 (3), 565-572,  doi : 10.1007/s11295-014-0704-6

Posters, conférences

Roger A., Marin S., Dubois A., Guérin V., Jorge V., Villar M. (2018). Diversité et structure génétique de semis de Populus nigra L. suite à des événements de régénération entre 2008 et 2017 sur les îles de Mareau-aux-Prés. Présenté à la 3ème conférence internationale Recherches et actions au service des fleuves et grandes rivières. Integrative Sciences and sustainable development of rivers, Lyon, France (2018-06-04).

Villar M., Augustin S., Chantereau M., Chevalier M., Denux O., Dupré R., Greulich S., Guérin V., Jorge V., Lefebvre M., Mårell A., Rodrigues S., Wintenberger C. (2018). Conséquences des travaux d’entretien du lit de la Loire sur la biodiversité au sein des iles de Mareau-aux-prés (Réserve Naturelle Nationale de St-Mesmin) : principaux résultats après 5 années d’étude. Présenté à la 3ème conférence internationale Recherches et actions au service des fleuves et grandes rivières. Integrative Sciences and sustainable development of rivers, Lyon, France (2018-06-04).

Jorge V., Dowkiw A., Faivre-Rampant P., Villar M., Pégard M., Segura V., Guérin V., Steenackers M., Vietto L., Bastien C. (2018). Présenté au INUPRAG Meeting 2018, Survey of genetic diversity in European Populus breeding programs, Barcelone, Espagne (2018-06-03).

Jorge V., Faivre-Rampant P., Guérin V., Le Paslier M.-C., Berard A., Chauveau A., Segura V., Bastien C., Villar M., Dowkiw A. (2016). Napoleonian legacy in Populus nigra populations. Présenté à la conférence IUFRO Genomics and Forest Tree Genetics, Arcachon, France (2016-05-30).

Jorge V., Dowkiw A., El Malki R., Albert E., Pégard M., Segura V., Guérin V., Ridel C., Poursat P., Almeida Falcon J.-L., Faivre-Rampant P., Bastien C. (2015). Back to the wild: identification and genetic mapping of resistance factors to Melampsora larici-populina in Populus nigra. Présenté au 5th International Workshop on the Genetics of Tree-Parasite Interactions, Orléans, France (2015-08-23).

Cours

Marqueurs moléculaires : intérêt et utilisation pour l'amélioration et la conservation de arbres forestiers. Guérin V. et Jorge V. (2019).  (10h, Master 1 Agrosciences Université d'Orléans, FRA).

Date de modification : 24 octobre 2023 | Date de création : 16 juillet 2013 | Rédaction : BV